27622 Introduktion til bioinformatik - turbo version
27622 er en turbo version på master niveau af 13-ugers kurset "Introduktion til Bioinformatik" (27611). Læseplanen og øvelser for første del er den samme som for 27611. Den sidste del består af projektarbejde.
Eleverne bør blive fortrolige med grundlæggende computer-baserede metoder til molekylær struktur og sekvensanalyse. Teorien bag metoder præsenteres, men det primære fokus er på den praktiske anvendelse af metoderne til et problem-baseret forskningsprojekt.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Søge efter sekvens og struktur data fra offentlige tilgængelige databaser, såsom GenBank, UniProt og PDB.
Visualisere protein 3D strukturer ved brug af PyMOL.
Generere og kritisk evaluer DNA og peptid alignments.
Visualisere genomisk data ved brug af UCSC genome browser.
Forudsige epitop bindingsaffinitet ved hjælp af web-baserede værktøjer.
Forespørge sekvens databaser ved brug af alignment-baserede metoder (BLAST) og kritisk evaluer resultaterne.
Forudsige den mest sandsynlige biologiske funktion af et hidtil ukendt gen eller protein produkt ved sammenligning med allerede karakteriserede gener/proteiner.
Generere multiple sekvens alignment med datasæt bestående af beslægtede sekvenser ved hjælp af både lokal og global alignment algoritmer.
Generere fylogenetiske træer fra multiple sekvens alignments.
Generere logo plots til repræsentation af konserverede sekvenser.
Udføre et bioinformatik baseret gruppeprojekt der vil involvere adskillige analytiske metoder der skal præsenteres både mundtligt og på en poster.
Kursusindhold:
Se engelsk version
Bemærkninger:
Se engelsk version
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk/kursustilmelding.aspx
