Særlig dag
Mundtlig eksamen sidste onsdag-torsdag i perioden
Evalueringsform:
Hjælpemidler:
Bedømmelsesform:
Tidligere kursus:
27485
Pointspærring:
Faglige forudsætninger:
,
Deltagerbegrænsning:
Maksimum: 35
Overordnede kursusmål:
At give de studerende kendskab til og gøre dem i stand til at benytte bioinformatik inden for områderne immunologi og vaccinedesign.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Forklare forskellen mellem klasse I og klasse II MHC-proteiner.
Forklare opbygningen og funktionen af et antistof/B cellereceptor.
Finde relevante immunologiske databaser på nettet og udtrække de ønskede data.
Identificere de benyttede germ-line gener i et færdigt rearrangement af antistofkodende gener.
Benytte simple Unix og awk kommandoer til enkel omformatering af tekstbaserede filer, samt kommandolinje kald af eksekverbare programmer.
Forudsige en aminosyre-sekvens’ mulige kløvning af proteasomet, samt beskrive baggrunden herfor.
Forudsige et polypeptids mulige binding til transporteren TAP, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige et peptides mulige binding til MHC-proteinet, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige mulige T celleepitoper fra en proteinsekvens, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige mulige lineære B celleepitoper fra en proteinsekvens, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige mulige konformationelle B celleepitoper fra en proteinsekvens, samt beskrive bagrunden herfor.
Konstruere et phylogenetisk træ ud fra relaterede nukleotidsekvenser ved brug af programmet PAUP og udpege sites udsat for positiv selection ved brug af ‘likelihood ratio testing’ af alternative modeller som implementeret i programmet PAML.
Kursusindhold:
Introduktion til immunologisk relateret bioinformatik, cellulært og antistof-medieret immunitet, infektioner, vaccine design, modellering af immunsystemet, informationsteori for immunsystemet, databaser og web steder inden for immunologi, eksperimentel og teoretisk beskrivelse af MHC-binding, forudsigelse af epitoper ved hjælp af neurale netværk og sekvensanalyse, forudsigelser af proteasomkløvning og TAP-binding, DNA vacciner, plasmid design, brug af DNA array data til at opdage sygdoms-relaterede gener, intellectual property rights, modellering af strukturelle epitoper, vaccination mod allergi, praktiske øvelser i alignment, databasesøgning og forudsigelse.
Første halvdel vil bestå af forelæsninger om formiddagen og praktiske øvelser om eftermiddagen. Anden halvdel vil være projektarbejde samt forelæsninger. Opgaverne/projekterne løses i grupper.
Opgaver til hver af de 8 øvelsesgange og et større gruppeprojekt, der afsluttes med enten poster- eller power point præsentation.
BEMÆRNINGER ANGÅENDE EVALUERINGSFORM Karakteren vil blive givet på baggrund af en mundtlig eksamen, som finder sted den sidste onsdag-torsdag i kursets periode. Denne eksamen vil dække basis teorien og pensum i de praktiske øvelser og poster/powerpoint præsentationen vil være resultatet af et lille projekt, som laves i den sidste halvdel af kursusperioden.
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk/kursustilmelding.aspx
