At give de studerende en grundlæggende indføring i praktiske mikrobiologiske metoder til isolering, dyrkning, karakterisering, identifikation og screening af mikroorganismer (bakterier og svampe). At introducere enkle kemiske og molekylære metoder til diversitetsbestemmelse samt til screening og gene-mining uden forudgående dyrkning af mikroorganismerne. At lære at føre laboratorie-journal. Kurset er basalt og henvender sig til studerende med nogen, men ikke omfattende, erfaring i dyrkning og håndtering af mikroorganismer.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Skelne mellem bakterier og svampe samt udarbejde strategier for at isolere disse.
Isolere og rendyrke almindelige bakterier og skimmelsvampe.
Identificere de isolerede bakteriearter.
Identificere de isolerede svampe til slægts og artsniveau.
Kunne føre en laboratorie-journal.
Kunne anvende viden fra svampe- og bakterielitteratur.
Søge i specifikke molekylære databaser.
Kunne anvende forskellige morfologiske identifikationsnøgler.
Håndtere og aligne mindre gensekvenser.
Konstruere enkle evolutionære træer.
Kunne undersøge bakterier og svampe for udvalgte bioteknologiske egenskaber.
Kunne rapportere resultater i posterformat.
Kursusindhold:
Kurset omfatter øvelser i hvilke der introduceres og indøves basal prøveforbehandling, fortynding og kimtælling samt isolering af bakterier og skimmelsvampe. Sammenligninger af dyrkbare og totale celletal herunder anvendelse af lys- og fluorescens-mikroskopi (fx SYBR Gold farvning). Gruppering og identifikation af mikroorganismer ved hjælp af fysiologiske, kemiske, morfologiske og molekylære metoder. Der arbejdes med screening, isolation og identifikation af mikroorganismer fra naturlige og tekniske miljøer. Selektive dyrknings-teknikker introduceres. Der arbejdes med screening på forskellige agar-baserede substrater af bakterier og svampe for bioteknologisk relevante egenskaber, som antibiotika- eller enzym-produktion. Enzym-aktiviteter testes fx på kitin- og casein-agar. Antibiotika-effekt undersøges mod andre bakterier. Produktion af disse stoffer i flydende dyrkningskultur under vækstfasen undersøges.
Litteratur:
Øvelsesmanual Metodeforskrifter Videnskabelige artikler Food and Indoor fungi, Centraalbureau voor Schimmelcultures, Utrecht 2010 Brock Biology 12 edition (bruges på 27051)
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk/kursustilmelding.aspx
