At sætte den studerende i stand til at skrive simple Perl programmer i et Unix environment for at løse mindre bioinformatiske opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Anvende forskellige datatyper og indbyggede funktioner i Perl.
Demonstrere indsigt i struktureret problemløsning.
Genkende mønstre i data og generalisere fra dem.
Analysere og planlægge udførslen af et mindre computerberegningsprojekt.
Designe og implementere en effektiv algoritme i Perl.
Opdele en beregningsopgave i subrutiner.
Finde og rette fejl i et program baseret på dets opførsel.
Evaluere programmers løbetid.
Parse (læse og ekstrahere) (bioinformatiske data) filer for ønsket information.
Definere og anvende regulære udtryk (computermønstergenkendelse).
Kursusindhold:
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og programmeringssproget Perl, og følger basale programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og input/output redirection. I Perl dækkes forskellige løkke- og kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (arrays og hashes), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og manipuleret. En stor del af kurset er brugt på computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De studerende vil få et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer.
