Mikroarray teknologien har revolutioneret biomedicin i de sidste fem år. Siden sin begyndelse for knap 10 år siden har mikroarray platformen udviklet sig til et kraftigt forsknings redskab for high througput molekylær analyse af genomet, transkriptomet og proteomet. På disse forsknings redskaber er tusindvis af specifikke prober organiseret i arrays med hvilke en kompleks prøve (target), som f eks et celle lysat kan reagere med og give et samlet billede af cellens fysiomolekylære status. Forståelse af hvorledes probe design, fabrikation, target preparation, hybridisering, detektion strategier samt data evaluering spiller sammen er essentiel for at forstå mikroarray konceptet og vil være en central del af kurset. Den teknologiorienterede del vil danne basis for forståelsen af applikationer så som gen ekspressions analyse, SNP/mutation diagnostik, protein array, antistof array, komparativ genom hybridisering (CGH), high throughput gen overførsel (transfektion) ved mikroarrays, global promotor analyse ved brug af ChIP på chip assay og dobbelt strenget DNA mikroarrays med flere.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Beskrive og sammenligne forskellige microarray fabrikation metoder
Beskrive og sammenligne forskellige detektion metoder
Beskrive reaktions betingelser på et microarray og forklare hvordan de kan forbedres ved brug af forskellige fremgangsmåder til blanding (mixing).
Give en oversigt over de nødvendige trin for at udføre microarray eksperimenter til undersøgelse af genomet, transkriptomet og proteomet.
Diskutere fordele og ulemper ved brug af Affymetrix, Agilent og Illumina microarrays til gen ekspression og genetisk analyse
Udvælge strategi for en microarray metode anvendt til genotyping, gen ekspression analyse, komparativ genomisk hybridisering, chromatin immuno udfældning på Chip, transfektion celle arrays
Beskrive i detaljer den eksperimentelle procedure for allel specifik hybridisering på DNA microarrays.
Diskutere forskellige SNP genotypings metoder så som allel specifik hybridisering, mini-sekventering og ligerings reaktion
Beskrive og diskutere metoder til mikroRNA analyse vha. microarrays
Kursusindhold:
Kurset vil indeholde følgende grundlæggende læremetoder: Undervisningen omhandler hver dag et specifikt område indenfor microarray teknologi. Underviseren vil om morgenen give et overblik over emnet i form af en ca. 30 minutters introduktion. Studenterne har herefter tid til at læse artikler og andet materiale udleveret af underviseren. Om eftermiddagen vil pensum blive diskuteret med underviseren.
Inkluderet i kurset er laboratorieøvelser, som har til formål at fabrikere, bruge og evaluere DNA mikroarrays til mutations detektion.
