Efter kurset vil den studerende være i stand til at læse og fremlægge videnskabelige artikler, omhandlende de molekylære mekanismer bag avancerede cellulære reguleringsnetværk, med inddragelse af relevant baggrundslitteratur. Den studerende vil kunne genkalde sig en række af de mest almindelige paradigmer for global regulering, og vil uden hjælpemidler kunne give en overordnet beskrivelse af de centrale molekylære mekanismer, såsom repressorer, aktivatorer, attenuatorer og brugen af en alternativ Sigma faktor. Dette vil også inkludere en viden om hvad der anvendes som den kontrollerende faktor. Desuden vil den studerende kunne koble sin viden om reguleringssystemer sammen med sin viden om cellens basale metabolisme: Med udgangspunkt i en given organisme og givne vækstbetingelser vil der ved hjælp af målrettet litteratursøgning kunne opstilles hypoteser om effekten af forskellige reguleringssystemer på cellens metabolisme.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Præsentere biologiske reguleringssystemer i form af diagrammer, og redegøre for den kondenserede viden der er repræsenteret i et givet regulatorisk diagram.
Ud fra læsning af review artikler og primær videnskabelig litteratur at bibringe medstuderende et overblik over de molekylære mekanismer bag et reguleringssystem ved posterpræsentation og mundtlig fremlæggelse understøttet af et slideshow.
Forklare de overordnede molekylære mekanismer bag transkriptionel attenuering, repression og aktivering.
Forklare hvordan protein modificering og protein-protein interaktioner kan anvendes til aktivering og inaktivering af regulatoriske proteiner.
Redegøre for de reguleringsmæssige virkninger, der kan opnås ved brug af alternative sigmafaktorer og enhancers.
Forklare hvilke molekylære mekanismer der kan føre til translationel initieringskontrol.
Diskutere fordele og ulemper ved komplicerede reguleringsnetværk i forhold til simple systemer.
Diskutere under hvilke vækstbetingelser, eller i hvilke omgivelser, forskellige reguleringssystemer vil være aktive.
Anvende viden omkring reguleringsparadigmer til at identificere relevante co-regulerede clusters indenfor transkriptomanalyse.
Foreslå relevante mekanismer til forklaring af reguleringsmæssige effekter.
Diskutere hvilke eksperimenter, der ville være egnede til at analysere en given reguleringsmekanisme.
Kursusindhold:
Kurset er bygget op på gennemgang af review- og forskningsartikler omhandlende primært globale reguleringssystemer, samt diskussioner af reguleringssystemets relation til den mikrobielle metabolisme. Der vil blandt andre blive gennemgået følgende bakterielle systemer: Heat shock regulering, osmo-regulering, oxidative/anaerob stress regulering, stringent regulering, DNA damage (SOS) respons, nitrogen regulering , catabolit regulering , nukleotid regulering.
Hver undervisningssession vil bestå af fremlæggelse af reviewartikler i samarbejde mellem lærer og fremlæggelsesgruppe, efterfulgt af præsentation af forskningsartikel ved fremlæggelsesgruppen. Uddybende spørgsmål bliver herefter af evalueringsgruppen stillet til fremlæggelsesgruppen og til tilhørerne. Hver session afsluttes af lærerne med en afrunding. I slutningen af kurset skal hver gruppe udfærdige en poster over et selvvalgt emne indenfor global regulering. Denne poster, som udfærdiges af en gruppe på 2 personer, skal beskrive et eller flere regulatoriske systemer, samt interaktion mellem reguleringssystemerne og den cellulære metabolisme under specifikke omstændigheder.
