At give de studerende kendskab til og gøre dem i stand til at benytte bioinformatik inden for områderne immunologi og vaccinedesign.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Forklare forskellen mellem klasse I og klasse II MHC-proteiner.
Forklare opbygningen og funktionen af et antistof/B cellereceptor.
Finde relevante immunologiske databaser på nettet og udtrække de ønskede data.
Identificere de benyttede germ-line gener i et færdigt rearrangement af antistofkodende gener.
Benytte simple Unix og awk kommandoer til enkel omformatering af tekstbaserede filer, samt kommandolinje kald af eksekverbare programmer.
Forudsige en aminosyre-sekvens’ mulige kløvning af proteasomet, samt beskrive baggrunden herfor.
Forudsige et polypeptids mulige binding til transporteren TAP, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige et peptides mulige binding til MHC-proteinet, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige mulige T celleepitoper fra en proteinsekvens, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige mulige lineære B celleepitoper fra en proteinsekvens, samt beskrive bagrunden herfor.
Forudsige mulige konformationelle B celleepitoper fra en proteinsekvens, samt beskrive bagrunden herfor.
Konstruere et phylogenetisk træ ud fra relaterede nukleotidsekvenser ved brug af programmet PAUP og udpege sites udsat for positiv selection ved brug af ‘likelihood ratio testing’ af alternative modeller som implementeret i programmet PAML.
Kursusindhold:
Introduktion til immunologisk relateret bioinformatik, cellulært og antistof-medieret immunitet, infektioner, vaccine design, modellering af immunsystemet, informationsteori for immunsystemet, databaser og web steder inden for immunologi, eksperimentel og teoretisk beskrivelse af MHC-binding, forudsigelse af epitoper ved hjælp af neurale netværk og sekvensanalyse, forudsigelser af proteasomkløvning og TAP-binding, DNA vacciner, plasmid design, brug af DNA array data til at opdage sygdoms-relaterede gener, intellectual property rights, modellering af strukturelle epitoper, vaccination mod allergi, praktiske øvelser i alignment, databasesøgning og forudsigelse. Første halvdel vil bestå af forelæsninger om formiddagen og praktiske øvelser om eftermiddagen. Anden halvdel vil være projektarbejde samt forelæsninger. Opgaverne/projekterne løses i grupper. Opgaver til hver af de 8 øvelsesgange og et større gruppeprojekt, der afsluttes med enten poster- eller power point præsentation. BEMÆRKNINGER ANGÅENDE EVALUERINGSFORM: For at bestå kurset vil følgende være obligatorisk: Rettidig (før kl. 7 om morgenen dagen efter øvelsen) aflevering af mindst 6 øvelsesrapporter. Acceptabel gruppe poster-præsentation. Karakteren vil blive baseret på en multiple choice test, som gives sent i kursusperioden. Datoen for testen vil blive oplyst ved kursusstart. Karakteren gives som en helhedsvurdering.
Bemærkninger:
For tilmelding til internet-transmission sendes senest 2 uger inden ordinær tilmelding starter (dvs. senest 17/4) en mail til koordinator Dorthe Kjærsgaard dorthek@cbs.dtu.dk med dit fulde navn og evt. studienummer. Efter modtaget bekræftelse tilmeldes kurset på normal vis. Max 15 tilmeldinger til internet-transmission.
