Målet med dette kursus er at give den studerende en solid kunnen inden for metoder rettet mod karakteriseringen af microbielle meta-, kerne- og pan-genomer, ud fra genomsekvenser af relaterede organismer eller microbielle samfund. De studerende vil blive i stand til at forstå og bruge disse informationer i praktiske anvendelser, som for eksempel screening af store segmenter af sekventeret DNA ekstraheret fra forskellige omgivelser, klassificering af bakterielle arter og design af høj-densitets microarray chips. Slutteligt er det målet at den studerende lærer at formulere interssante problemer/spørgsmål som kan addresseres med pangenome-chip og advanceret metagenomisk analyse.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Forstå og forklare forskellene mellem konventionel meta- og pan-genomics
Forstå og anvende bioinformatiske værktøj på meta- og pan-genomiske data
Estimere 16S rRNA biodiversitet og størrelserne af totale kerne- og pan-genomer
Producere lister af gener udgørende kerne- og pan-genomer
Forklare de overordnede teoretiske principper bag de individuelle trin i analysen
Redegøre for eventuelle forudsætninger og antagelser i de individuelle trin i analysen
På egen hånd kunne planlægge et metagenomisk projekt og en pan-genomisk microarray chip
Forklare proceduren for microbiel genopdagelse
Vurdere og konstruktivt kritisere egen indsats såvel som andres
Organisere samarbejde i en heterogen gruppe
Planlægge og udføre et skriftligt projekt, navnlig formuleringen og afprøvning af hypotheser
Presentere et videnskabeligt project som en poster
