Kursets overordnede mål er at de studerende skal opnå et grundigt kendskab til de forskellige metoder der findes til microarray analyse, samt at være i stand til at udføre computerbaseret analyser af ekspressionsdata. Endvidere er det et mål at de studerende lærer at formulere interessante problemer/spørgsmål som kan belyses med ekspressionsanalyse.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Redegøre for de enkelte trin der indgår i en generel microarray analyse.
Forklare de overordnede teoretiske principper som ligger bag de enkelte trin i analysen.
Redegøre for forudsætninger og antagelser bag de enkelte trin i analysen.
Selvstændigt udføre en basal microarray analyse.
Opstille problemformuleringer som kan besvares vha. microarray analyse.
Besvare de af den studerende formulerede problemformuleringer.
Samarbejde i grupper om projektarbejde.
Indlæse og manipulere simple datastrukturer i programpakken R.
Kursusindhold:
Teknologien bag GeneChips og cDNA arrays; normalisering af data; statistik signifikans af ekspressionsændringer; reduktion og visualisering af store datamatricer: PCA, clustering; promoter-analyse og funktionsanalyse; integrering af data; case stories, problemformulering. Projekt arbejde: besvarelse af problem formulering, som formuleres af en gruppe studerende i samarbejde med underviserne. Poster præsentation af projekt.
Bemærkninger:
Opgaverne/projekterne løses i grupper og den enkelte studerendes bidrag skal i henhold til gældende regler kunne identificeres, så hver studerende kan bedømmes individuelt. En del af kursets opgaver og projektdelen indbefatter arbejde i det statistiske miljø R (forhåndskendskab forudsættes ikke).
