Under kurset vil deltagerne blive fortrolige med begreber og værktøjer, der benyttes ved Individ Baseret Modellering af mikrobiel interaktion. Deltagerne præsenteres for en bred vifte af eksisterende individ modeller og vil øve anvendelsen af iDynoMiCs platformen, et nyt modulært open source software dedikeret til mikrobiel Individ baseret simulation. Udover den tekniske træning vil relationer mellem Individ Baserede Modeller, klassiske modeller og direkte observationer blive vurderet
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Forstå og beskrive principper for Individ Baserede Modeller
Hovedapplikationerne i Individ Baserede Modeller inden for mikrobiel økologi
Opstille og benytte eksisterende Individ Baserede Modeller
Formulere sine specifikke behov og udvikle sin egen model
Producere numerisk og grafisk output
Analysere og evaluere simuleringsresultater med hensyn til parameter sensitivitet, steady state stabilitet og sammenligning med virkelig data
Medvirke til yderligere udvikling af softwaren
Kursusindhold:
Kurset vil introducere anvendelsen af modellering og mere specifikt af Individ baseret modellering af mikrobiel økologi. Der gives adskillige eksempler på anvendelse af biofilm modeller og de hoveddynamikkerne i biofilm bliver beskrevet. Derefter præsenteres den praktiske implementering af den tilegnede viden: Efter en generel introduktion af programmeringssproget Java vil de studerende lære at benytte hovedmoduler og solvere på en ny softwareplatform til Individ Baseret Modellering af biofilm. Der opnås fortrolighed med softwaren takket være anvendelsen af simple case-studier og de studerende vil derefter få mulighed for selv at starte design og implementering af deres egen model. Samtidig vil relationen til andre modelleringsrammer som kontinuert eller neutral modellering blive berørt.
Bemærkninger:
På kurset benyttes gruppe-/cooperativ læring ekstensivt. Gruppeopgaver tildeles af instruktørerne ved begyndelsen af kurset. Der lægges udtrykkelig vægt på det individuelle bidrag til gruppeprojektet ved bedømmelsen. Der kræves ikke specifikke computerfærdigheder, men almen forstand på it er ønskelig.
Kursusansvarlig:
Barth F. Smets, 115, 204, (+45) 4525 2230, bfs@env.dtu.dk Laurent Lardon, 115, 054, (+45) 4525 2286, lal@er.dtu.dk Jan Ulrich Kreft, Centre for Systems Biology, University of Birmingham, Edgbaston Birmingham, B15 2TT UK. +44 (0)121 41 48851 , j.kreft@bham.ac.uk Cristian Picioreanu, TU Delft, Department of Biotechnology, Julianalaan 67, 2628 BC Delft, The Netherlands, +31-(0)15-2781166, , c.picioreanu@tudelft.nl Joao Xavier, Center for Systems Biology, Bauer Laboratory Harvard University, 7 Divinity Avenue, Cambridge, MA 02138, Phone: +1 617 384 9920, , jxavier@cgr.harvard.edu Andreas Doetsch, Helmholtz Centre for Infection Research, Inhoffenstraße 7 D-38124 Braunschweig, Germany, Phone: +49 (0)531 6181 3052 , , , andreas.doetsch@helmholtz-hzi.de
