DNA microarray teknologien spiller en afgørende rolle inden for molekylærbiologi, system biologi og lægemiddelforskningen. Kursets mål er at de studerende skal opnå et generelt kendskab til de forskellige metoder der findes til microarrayanalyse, samt at være i stand til at udføre computerbaseret analyser af ekspressionsdata. Endvidere er det et mål at de studerende lærer at formulere interessante problemer/spørgsmål som kan belyses med ekspressionsanalyse.
Kursusindhold:
Teknologien bag GeneChips og cDNA arrays. Spørgsmålsformulering, normalisering af data før sammenligning mellem forsøg. Statistik signifikans af ekspressionsændringer. Reduktion og visualisering af store datamatricer: PCA, clustering. Reverse engineering af regulatoriske netværk. Promoteranalyse og funktionsanalyse. Integrering af data. Case stories. Afsluttende med poster præsentation af selvstændig besvarelse af problem formulering formuleret i samarbejde med underviserne.
Bemærkninger:
Opgaverne/projekterne løses i grupper og den enkelte studerendes bidrag skal i henhold til gældende regler kunne identificeres, så hver studerende kan bedømmes individuelt. En del af kursets opgaver og projektdelen indbefatter arbejde i det statistiske miljø R (forhåndskendskab forudsættes ikke).
