Aftales med læreren
Ingen eksamen i den ordinære eksamensperiode
Evalueringsform:
Hjælpemidler:
Bedømmelsesform:
Pointspærring:
Faglige forudsætninger:
Deltagerbegrænsning:
Maksimum: 140
Overordnede kursusmål:
Computerbaserede metoder spiller allerede nu en afgørende rolle indenfor mikrobiologien, bioteknologien og lægemiddelforskningen. Store internationale sekvens- og strukturdatabaser indeholder information som i mange tilfælde helt kan erstatte eksperimentelt arbejde, og i andre tilfælde bruges til at få langt mere ud af de eksperimentelle resourcer. Kursets mål er at således give de studerende kendskab til en række nye metoder til molekylær struktur- og sekvensanalyse.
Kursusindhold:
Bioinformatik i genom-æraen, hvor de komplette arveanlæg for mange bakterier, svampe og dyr er kendt. Sammenligning af nukleotid- og aminosyresekvenser: parvis alignment, multiple alignments, phylogeni, databasesøgning. Struktur- og funktionsforudsigelse med neurale netværk og skjulte Markov modeller. Genfinding i sekvenser fra genomprojekter. DNA microarrays. Proteinstruktur og funktion. HIV phylogeni. Praktiske øvelser under forelæsningerne.
Litteratur::
Lærebog: David W. Mount - Bioinformatics Sequence and Genome Analysis, Second Edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004.
Bemærkninger:
Opgaverne/projekterne løses i grupper og den enkelte studerendes bidrag skal i henhold til gældende regler kunne identificeres, så hver studerende kan bedømmes individuelt.
