Profilering af samtlige metaboliter der produceres af en mikroorganisme er analytisk set en spændende og meget krævende opgave der er afgørende for den funktionelle forståelse af genom og cellulær funktion. Formålet med dette kursus er at give et grundlag for udvælgelse og/eller udvikling af metoder til kvalitativt profilering og til kvantitativ bestemmelse af denne pool af små organiske molekyler og metabolitter der samlet betegnes som metabolomlet. Bestemmelsen af disse bio-organiske forbindelser er helt afgørende for række bioteknologiske discipliner bl.a.: funktionel genomics, opdagelse af nye aktiv stoffer (lead discovery) hvor især skimmelsvampe er en rig kilde til nye forbindelser og biotransformationer og metoder afgørende for forståelsen og anvendelsen af mikroorganismer i bioteknologi, for proceskontrol i industrien, farmakokinetik og sikker levnedsmiddelproduktion. Samtidigt spiller de sekundære metabolitter en central rolle i morderne taksonomi. Metodemæssigt er metabolomanalyse baseret på massespektrometri kombineret med kromatografiske samt enkelte andre teknikker bl.a. NMR.
Kursusindhold:
Hovedvægten i kurset vil ligge på en introduktion til metabolomets: Dets biokemi og molekyler, afgrænsning og dynamik samt en introduktion af de relevante analytiske teknikker (baseret på kromatografi (GC og HPLC) og massespektrometri (MS)). Kurset vil ligeledes introducere prøvetagning, quencing (hurtigt stop af alle cellulære processer), fraktionering og databehandling. Emner: Teknikker og principper i prøvetagning, quencing og fraktionering. Kromatografiske udfordringer med introduktion af relevant instrumentering, detektorer og apparaturforståelse. Massespektrometri alene og i forbindelse med HPLC og GC. Datastruktur, databehandling og kemometri. Vurdering af analytiske data. De forskellige analytiske metoder introduceres ved case-histories baseret på rå-data fra instituttets forskning.
