At give de studerende indsigt i diversiteten af mikroorganismer med henblik på en forståelse af deres rolle i det omgivende miljø, og på en optimal udnyttelse af deres egenskaber til miljømæssige formål og i bioteknologiske industrier. Kurset inkluderer arbejde med fundamentale biologiske begreber, der er af stor værdi for alle mikrobiologiske, økologiske, levnedsmiddelteknologiske, molekylære og bioteknologiske fag
Kursusindhold:
TEORI: Gennemgang af biodiversitet fra individ til økosystem og teoretisk og praktisk baggrund for screening af enkeltorganismer, stammesamlinger og økosystemer: (1)Artsbegrebet. Evolutionært betinget klassifikation. Beskrivelse af nye arter. Phylogeni vs klassisk taxonomi. Det taksonomiske hieraki. Vigtige grupper af bakterier, archaea, protister og svampe og deres diversitet. Taksonomisk litteratur og nøgler. (2) Isolering af mikroorganismer og screening for ønskede egenskaber. Design af isoleringsmedier. Biokonsortier. Habitater. Inkuberingsbetingelser. Stammesamlinger. (3) Biosystematik: klassifikation, kladifikation, identifikation og nomenklatur. Kladistiske of numerisk taksonomiske begreber og fremgangsmåder. IT og databaser. Forudsigelse af funktionelle egenskaber udfra fylogeni og økologi. Bioinformatik i relation til biodiversitet. (4)Genetisk diversitet og gene-fishing. Naturstofkemi og kemisk diversitet. Ekstracellulære enzymer. Nutritiv, fysiologisk og resistensmæssig diversitet. Mikrobiel nedbrydning og transformering. ØVELSER: Isolering af bakterier, archaea og skimmelsvampe. Identifikation ved hjælp af fysiologiske og molekylære fylogenetiske metoder. Søgning i databaser. Kladistik. Konstruktion af evolutionære træer. PROJEKT: Selvstændigt arbejde i grupper med screening, isolation og identifikation af mikroorganismer fra naturlige og tekniske miljøer.
