Dette er et PhD kursus, som ligger parallelt med kursus 27325, og som vil give deltagerne den samme dybe indsigt i, hvordan proteiner bestemmes og beskrives i 3 dimensioner, og hvordan teknikken bruges til rational strukturel engineering. Forskellen ligger i at kursusdeltagerne skal kunne forstå materialet på et niveau, hvor de selv kan undervise i det. Eksamensformen afspejler dette højere niveau af læring.
Som på kursus 27325 forventes det, at deltagerne vil få kendskab til og erfaring med krystallisering og røntgenstrukturbestemmelse, samt forståelse af hvilke statistiske metoder, der benyttes til validering af proteinstrukturer. Du vil lære, hvordan man selvstændigt behandler og optimerer modellen med de nyeste strukturbehandlingsprogrammer, såsom Coot og forfiningsprogrammerne Phenix, og du forventes at træne det på modeller, som præsenterer specielle udfordringer, såsom modeller med post-translatoriske modifikationer, såsom glykosyleringer eller complkse strukturer med flere polypeptidkæder tilstede i den asymetriske enhed.
Kurset vil give en indføring i grundlæggende strukturkemiske begreber, samt hvordan røntgen og synchrotronbestråling anvendes til bestemmelse af proteiners struktur. Deltagerne vil efter kurset være i stand til at fortolke og anvende strukturkemiske resultater og databaser og have fået en grundig opgavebaseret indføring i rational protein redesign, protein-protein komplekser og forståelse for enzymatiske aktive sites. Man vil få indblik i, hvordan man skriver sit eget script til pymol, samt indblik i hvordan proteinstruktur-databasen kan anvendes som biokemisk værktøj til at dirigere biokemiske forsøg eller danne basis for nye strukturbaserede hypoteser. Kurset vil desuden beskrive de nye muligheder som modelforudsigelsesprogrammet alphafold2 har givet strukturel biologi. Hvordan alphafold kan optimere udbyttet af allerede eksisterende x-ray data. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Bruge indsigten fra kurset til at videreformidle et specifikt emne udover kursets rammer
• selektere og sortere i publiceret data med henblik på evaluering og gen-forfining
• kritisk vurdere og sammenligne proteinstrukturer fra litteraturen eller databaser med strukturdata fra eget projekt
• beskrive og forstå de underliggende principper for opbygning af krystalline strukturer i termer af symmetrier, rumgrupper og enhedsceller
• beskrive og forstå grundlæggende røntgenspredningsteori, definere det reciprokke gitter og relatere det til det direkte gitter
• udlede og udvikle hypoteser til optimeret proteindesign baseret på strukturel analyse
• udføre strukturelle sammenligninger og evaluere konsekvenserne ved forskelle i data kvalitet
• opsætte et krystallisationsforsøg og vurdere fremtidige forsøgsopsætninger
• forklare hvordan en proteinstruktur løses ved hjælp af røntgendiffraktion
• evaluere alphafold2-modeller versus krystallografisk bestemte modeller
• forstå hvordan alphafold2-modeller har fremmet strukturel biologi
• bedømme, evaluere og kritisere kvaliteten af en publiceret proteinstruktur

Primær, sekundær, tertiær og kvarternær struktur af proteiner og andre makromolekyler. Analyse af molekylære bindings motiver, såsom hvordan man skelner mellem vand, chlorid, og metaller ved brug af publiseret diffraktion data, eksempler på små molekyle binding og katalytiske aktive sites. Fundamental symmetrilære, herunder symmetrioperationer, krystalsystemer og rumgruppenotation. Eksperimentelt arbejde med krystallisering og test af krystalkvalitet. Løsning af proteinstrukturer ved hjælp af røntgendiffraktion, kryo elektronmikroskopi og småvinkel spredning. Strukturvalidering og læsning af strukturartikler. Teori for røntgenspredning fra krystaller. Samt udførsel af skripts til pymol. Crystallography Made Crystal Clear
A Guide for Users of Macromolecular Models
A volume in Complementary Science
Book • Third Edition • 2006 Det forventes, at de studerende medbringer deres personlige computer og har ca. 2 gb plads til at installere de nødvendige programmer. 03. juli, 2025