Overordnede kursusmål
Det overordnede formål med dette kursus er at give de studerende et
uddybende kendskab til: i) biosyntese af forskellige typer af
komplekse små organiske molekyler (sekundære metabolitter =
naturstoffer); ii) de forskellige typer af enzymer, som katalyserer
biokemiske reaktioner, samt; iii) opbygningen af sekundære
metabolit kodende genklustre, og iv) hvorledes man kan bruge
bioinformatiske metoder til at koble viden om gener til kemiske
strukturer og omvendt.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Genkende og differentiere imellem biosyntesen af forskellige
typer af polyketider, herunder forstå betydningen af enzym
katalyserede ringdannelser, oxidationer og reduktioner for
polyketidernes endelige struktur.
- Genkende og differentiere imellem biosyntese af ribosomale og
non-ribosomale peptider, herunder de relaterede enzymers opbygning,
domæner og disses funktioner.
- Genkende og differentiere imellem biosyntese af terpener og
shikimisyre afledte stoffer (polyphenoler).
- Opstille en hypotese for sammensætningen af det relaterede
genkluster, i både bakterier og svampe, baseret på
retro-biosyntetisk analyse af strukturen af et vilkårligt naturstof
af blandet biosyntetisk oprindelse.
- Udvælge og anvende relevante bioinformatiske metoder som
AntiSMASH, MIBIG til at kunne prædiktere hvilken overordnet
naturstoftype en givent sekundært metabolit genkluster koder
for.
- Udvælge og anvende bioinformatiske metoder som BLAST og
Interproscan til at kunne forudsige hvilken specifik type af
relateret enzym der er involveret i en given strukturel ændring af
et naturstof.
- Generere en overordnet model for hvilke typer af naturstoffer
en given mikroorganisme har potentialet til at biosyntetisere
baseret på en samlet analyse af dens genomdata.
- Opstille en model for sammensætningen af gener i det tilhørende
biosyntetiske genkluster, baseret på retro-biosyntetisk analyse af
strukturen af et givent naturstof.
Kursusindhold
Avanceret forståelse af biosyntese af komplekse naturstoffer som
polyketider, non-ribosomale peptider, terpener og stoffer af
blandet biosyntetisk oprindelse. Anvendelse af bioinformatisk
baserede analyse metoder, som AntiSMASH til annotering af de gener
(og klustre), der ligger til grund for de mange typer af
enzymkatalyserede reaktioner, der er involveret i biosyntese af
naturstoffer. Kurset henvender sig til studerende (og industri
folk) med en baggrund i enten bioteknologi eller organisk kemi, der
gerne vil udvide deres biokemiske kompetencer, og er interesseret i
”naturens organiske kemi”.
Bemærkninger
Kursuspris
1) Kurset er gratis for alle ph.d.-studerende fra et dansk
universitet.
2) Kursusgebyret for ph.d.-studerende registreret ved
internationale institutioner er DKK 10.600 (ikke-EU/EEA-borgere
skal desuden betale en studieafgift).
3) Kursusgebyret for akademia er DKK 18.750.
4) Kursusgebyret for industrideltagere er DKK 25.000.
Betaling:
Alle ph.d.-studerende skal betale her:
https://lifelonglearning.dtu.dk/en/bioengineering/course/biosynthesis-of-natural-products-phd/
Akademia og industri skal betale her:
https://lifelonglearning.dtu.dk/en/biotech/
Der serveres morgenkaffe alle dage.
Sidst opdateret
27. august, 2025
