At give de studerende et overblik over hovedtyper af naturstoffer, proteiner og deres modificerede varianter, som mikroorganismer, planter og mammale celler kan biosyntetisere, og hvorledes de kan ekstraheres og forberedes til efterfølgende kemisk kvalitativ og kvantitativ analyse. Hovedformålet med kurset er at give de studerende en solid forståelse for kromatografisk baserede analytiske metoder med særligt fokus på analyse og detektion af både kendte og ukendte stoffer baseret på analyse af massespektrometriske metabolome og proteome data. Kurset henvender sig til biotek-, kemi- og farmatek-studerende, samt studerende med interesse for analytisk organisk kemi. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Gøre rede for de basale principper for prøveforberedelse af små organiske molekyler og proteiner, f.eks. fastfaseekstraktion (SPE).
• Forklare de basale principper bag kromatografi (LC, GC) herunder brug af forskellige relevante kolonnetyper.
• Gøre rede for de grundlæggende principper bag diode array detektion (DAD) og massespektrometri (f.eks. QTOF) koblet til væskekromatografi (LC-DAD-MS).
• Forklare betydningen af nøjagtig massebestemmelse, herunder addukt- og isotopmønstre.
• Anvende almindelig kromatografisk/​spektroskopisk software til dataanalyse.
• Sammenligne data fra mikrobielle ekstrakter med spektroskopisk information i databaser.
• Gøre rede for de basale principper bag kvantitativ analyse af naturstoffer (f.eks. mykotoksiner).
• Forklare principperne bag massespektrometribaseret analyse (f.eks. Orbitrap og MALDI-TOF) af intakte og modificerede proteiner.
• Beskrive det grundlæggende workflow for omics-baserede analyser af proteomer, interactomer og posttranslationelle modifikationer.
• Gøre rede for de forskellige metoder til kvantitative proteomanalyser, herunder med og uden brug af isotopmærkede aminosyrer.

Industriel produktion af små organiske molekyler (herunder naturstoffer) og proteiner ved hjælp af mikrobielle og mammale cellefabrikker forventes at stige i de kommende år. Dette inkluderer vigtige typer af produkter som antibiotika, anti-cancer stoffer, små antimikrobielle proteiner og fødevareingredienser som aromastoffer, farvestoffer, antioxidanter og vitaminer. Andre stoffer er giftige for mennesker og skal derfor undgås og kontrolleres for i levnedsmidler. Endelig er der et stort behov for en bedre forståelse for proteiners specifikke rolle på det cellulære niveau, hvilket stiller krav til udvikling af nye forbedrede proteomics-analysemetoder. Dette kursus vil gennemgå de vigtigste moderne metoder til at analysere både små molekyler og større proteiner, især baseret på væskekromatografi koblet til forskellige typer af moderne massespektrometre. Undervisningen vil være baseret på forelæsninger, opgaveløsning og gruppearbejde med fremlæggelser. 02. maj, 2025