Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at introducere studerende til nogle af de
bedste og mest benyttede metoder for at processere metagenomics
data. Denne data type er ofte brugt da man kan studere komplekse
microbiome data fra mange forskellige miljøer. Metagenomics data
behandles fra rå reads til abundans af gener til taxonomisk
annotering af hele genomer. Fokus vil være at den studerende
forstår den underliggende teori som de forskellige programmer
benytter, dog er det ikke et teorikursus, men et hands-on kursus
for at give en forståelse af de grundlæggende metoder som anvendes.
Alle studerende får en konto på et High Performance Compute (HPC)
system hvor man i grupper (max 4 personer) eller enkeltvis kan
arbejde på et udleveret metagenom datasæt. Et datasæt per gruppe.
Dette datasæt vil være baggrund for det arbejde som laves i
øvelserne og senere som en del af den afsluttende poster.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- se engelsk formulering
- se engelsk formulering
Kursusindhold
Introduktion til kursus
Sekventering, sekvensbibliotek, sekventerings platforme og fejlrate
Brug af basale unix kommandoer.
Fastq format, barkoder, demultipleksing, trimming og
kvalitetskontrol
Kraken familien & laveste fælles forfar: Kraken2, Braken og
KrakenUniq
k-mer og KMA programmet
SNP's, kriterier for at kalde et SNP, alleler og varianter of
VCF fil
Abundans mål og kompositionel data analyse
De-novo assembly med spades, gen annotering med ResFinder
Binning og kvalitetsmål
Hvordan starter man en analyse af et datasæt dvs taxonomisk
annotering, checkm, GTDB-TK, mash afstande og Drep.
Arbejde på egne sekvensdata
Gennemgang af nogle af de vigtigste emner fra kursusforløbet
Sidst opdateret
02. maj, 2025
