Kurset giver en tværfaglig tilgang, der kombinerer disciplinerne konventionel mikrobiologi, fuld-genom sekventering og bioinformatik til karakterisering af antimikrobiel resistens i bakterier. Antibiotikaresistens vil blive evalueret både gennem traditionelle fænotypiske metoder og gennem genotypiske metoder. Bioinformatisk software vil blive anvendt til yderligere at karakterisere bakteriernes gener i relation til udvikling og transmission af antimikrobiel resistens samt til evaluering af genetisk relation mellem bakterieisolater.

Den studerende vil ved afslutningen af ​​kurset i) være i stand til at udføre fænotypisk antimikrobiel resistensbestemmelse, ii) være i stand til at udføre helgen-sekventering af DNA fra bakterier, iii) kunne gennemføre bioinformatikanalyser for at bestemme den taxonomiske identitet såvel som tilstedeværelse af antimikrobielle resistens- og virulensgener, og iv) kunne fortolke de analytiske resultater med det formål at forklare trusler og handlinger. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Beskrive klassificering og historisk udvikling af forskellige antibiotika
• Beskrive antibiotikas virkningsmåder og de biologiske mekanismer for resistens
• Forklare truslen om den stigende resistens over for kritisk vigtige antibiotika, herunder brug af antibiotika i en One-Health sammenhæng
• Skitsere forskellige overvågningssystemer for antibiotikaresistens
• Udføre kvalitative og kvantitative resistensbestemmelser, herunder kvalitetskontrol
• Udføre biblioteksopbygning og fuld-genom sekventering af bakterieisolater
• Udføre bioinformatisk analyse og karakterisering af genomer, herunder taxonomisk- og typeidentifikation, bestemmelse af plasmid- og resistensgener samt clusteranalyse
• Identificere clustre og mulige transmissionsruter for bakteriepatogener
• Udnytte den viden, der er erhvervet, for at belyse problematikken omkring spredningen af ​​antibiotikaresistens og/eller vigtige bakterielle kloner
• Evaluere muligheder og handlinger for at begrænse yderligere transmission af antibiotikaresistens

Kurset giver en tværfaglig tilgang til vurdering af antibiotikaresistens i bakterielle patogener for at forstå denne stigende globale trussel.

Kurset vil fokusere på den teoretiske baggrund for udvikling af antibiotika samt deres klassificering, virkemåder og brug til behandling, bakteriel fysiologi, epidemiologi, optag og spredning af mobile elementer, metoder til fænotypiske og genotypiske antibiotika resistensbestemmelse og fortolkning af resultater.

Kurset vil give praktisk laboratorieerfaring i både konventionel antibiotika resistensbestemmelse og fuldgenom-sekventeringsteknologi for enkeltbakterier. Desuden introduceres bioinformatikanalyse til bestemmelse af resistens i bakterier, og til karakterisering af bakterielle genomer i en One-Health sammenhæng. Coursera kurser: Antimicrobial Resistance – theory and methods, Whole genome sequencing of bacterial genomes - tools and applications Det er obligatorisk at deltage i laboratoriearbejdet. 23. maj, 2025