Overordnede kursusmål
Kurset sigter på at gøre de studerende i stand til at analysere
proteiners struktur og funktioner med henblik på rationelt design
af lægemidler, og forståelse af sygdomsrelaterede mutationer. Dette
inkluderer praktiske computerøvelser i at konstruere og evaluere
modeller af proteiner, for hvilke der endnu ikke findes
eksperimentelle strukturer, da dette gør det muligt at forudsige
biologiske egenskaber for nye proteiner.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- beskrive proteinstrukturelementer, deres egenskaber og
aminosyrers kemiske og strukturelle egenskaber.
- vurdere eksperimentelle proteinstrukturers og modellers
kvalitet.
- navigere PDB strukturdatabasen og betjene funktioner i
programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle
struktur.
- konstruere en model af et protein med ukendt struktur og
analysere det.
- forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med
ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle
egenskaber.
- udføre molekylære simuleringer for at studere
proteindynamik.
- designe og udvikle en videnskabelig artikel og lære principper
for peer-review.
- anvende kommandolinjeværktøjer på en computerserver.
Kursusindhold
Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel
bestemmelse af proteinstruktur, strukturel genomik, forudsigelse af
sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., fold-genkendelse,
homologimodellering og de novo modellering, strukturvalidering,
proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”, molekylære
dynamik-simuleringer.
Bemærkninger
Projektarbejdet i slutningen af forløbet udføres i små,
selvvalgte grupper med medlemmer med forskellig ekspertise/baggrund
og afsluttes med videnskabelige artikler, som de studerende selv
skal skrive og producere data til resultatafsnittet.
Opgaverne omhandler hovedsagligt proteinstrukturvisualisering med
programmet PyMOL. Modellerne vil blive forudsagt med AlphaFold.
Mutationsscanningerne vil blive udført ved hjælp af FoldX eller
lignende på en Linux Cluster. Til en del af øvelserne og i
projektarbejdet vil vi arbejde på en Linux Cluster ved hjælp af
terminal- og kommandolinjebaseret software.
Sidst opdateret
02. maj, 2025
