27423 Metabolom- og proteomanalyse

2024/2025

Kursusinformation
Metabolomics and proteomics
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
Generel retningskompetence (MSc), Biotechnology
Retningsspecifikt kursus (MSc), Applied Chemistry
Retningsspecifikt kursus (MSc), Bioinformatics
Retningsspecifikt kursus (MSc), Biotechnology
Teknologisk specialisering (MSc), Applied Chemistry
Teknologisk specialisering (MSc), Bioinformatics and Systems Biology
E3A (tirs 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger, opgaver, litteratursøgning, gruppearbejde og studenterfremlæggelser
13-uger
E3A
Mundtlig eksamen
Karakteren gives på baggrund af den mundtlige eksamen.
Ingen hjælpemidler
7-trins skala , intern bedømmelse
27412
26400/27022
Minimum 10
Ling Ding , Lyngby Campus, Bygning 221 , lidi@dtu.dk
Thomas Ostenfeld Larsen , Bygning 221, Tlf. (+45) 4525 2632 , tol@bio.dtu.dk
Erwin Schoof , Lyngby Campus, Bygning 116B, Tlf. (+45) 4525 2059 , erws@dtu.dk
Chiara Francavilla , Lyngby Campus, Bygning 116 , chiafra@dtu.dk
27 Institut for Bioteknologi og Biomedicin
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
At give de studerende et overblik over hovedtyper af naturstoffer, proteiner og deres modificerede varianter, som mikroorganismer, planter og mammale celler kan biosyntetisere, og hvorledes de kan ekstraheres og forberedes til efterfølgende kemisk kvalitativ og kvantitativ analyse. Hovedformålet med kurset er at give de studerende en solid forståelse for kromatografisk-baserede analytiske metoder med særligt fokus på analyse og detektion af både kendte og ukendte stoffer baseret på analyse af masse spektrometriske metabolome og proteome data. Kurset henvender sig til biotek, kemi og farmatek studerende, samt studerende med interesse for analytisk organisk kemi.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Gøre rede for de basale principper for prøveforberedelse af små organiske molekyler og proteiner, som f.eks. fast fase ekstraktion (SPE).
  • Forklare de basale principper bag kromatografi (LC, GC) herunder brug af forskellige relevante kolonne typer.
  • Gøre rede for de grundlæggende principper bag diode array detektion (DAD) of masse spektrometri (f.eks. QTOF) koblet til Flydende kromatografi (LC-DAD-MS).
  • Forklare betydningen af nøjagtig massebestemmelse, herunder addukt og isotop mønstre.
  • Anvende standard kromatografisk/​spektroskopisk software til dataanalyse.
  • Sammenligne data fra mikrobielle ekstrakter med spektroskopisk information i databaser.
  • Gøre rede for de basale principper bag kvantitativ analyse af naturstoffer (f.eks. mykotoksiner).
  • Forklare principperne bag massespektrometri (f.eks. Orbitrap og MALDI TOF) baseret analyse af intakte og modificerede proteiner.
  • Beskrive det grundlæggende workflow for omics-baserede proteome, interactome, og post translationelle modifikationer analyser.
  • Gøre rede for de forskellige metoder til kvantitative proteomanalyser, herunder med og uden brug af isotop mærkede aminosyrer.
Kursusindhold
Industriel produktion af små organiske molekyler (herunder naturstoffer) og proteiner ved hjælp af mikrobielle og mammale cellefabrikker forventes at stige i de kommende år. Dette inkluderer vigtige typer af produkter som antibiotika, anti-cancer stoffer, små antimikrobielle proteiner og fødevare ingredienser som aromastoffer, farvestoffer, antioxidanter og vitaminer. Andre stoffer er giftige for mennesker og skal derfor undgås og kontrolleres for i levnedsmidler. Endelig er der et stort behov for en bedre forståelse for proteiners specifikke rolle på det cellulære niveau, hvilket stiller krav til udvikling af nye forbedrede proteomics analysemetoder. Dette kursus vil gennemgå de vigtigste moderne metoder til at analysere både små molekyler og større proteiner, især baseret på væskekromatografi koblet til forskellige typer af moderne massespektrometre. Undervisning vil være baseret på forelæsninger, opgaveløsning og gruppearbejde med fremlæggelser.
Sidst opdateret
02. maj, 2024