27423 Metabolom- og proteomanalyse
2024/2025
Overordnede kursusmål
At give de studerende et overblik over hovedtyper af naturstoffer,
proteiner og deres modificerede varianter, som mikroorganismer,
planter og mammale celler kan biosyntetisere, og hvorledes de kan
ekstraheres og forberedes til efterfølgende kemisk kvalitativ og
kvantitativ analyse. Hovedformålet med kurset er at give de
studerende en solid forståelse for kromatografisk-baserede
analytiske metoder med særligt fokus på analyse og detektion af
både kendte og ukendte stoffer baseret på analyse af masse
spektrometriske metabolome og proteome data. Kurset henvender sig
til biotek, kemi og farmatek studerende, samt studerende med
interesse for analytisk organisk kemi.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Gøre rede for de basale principper for prøveforberedelse af små
organiske molekyler og proteiner, som f.eks. fast fase ekstraktion
(SPE).
- Forklare de basale principper bag kromatografi (LC, GC)
herunder brug af forskellige relevante kolonne typer.
- Gøre rede for de grundlæggende principper bag diode array
detektion (DAD) of masse spektrometri (f.eks. QTOF) koblet til
Flydende kromatografi (LC-DAD-MS).
- Forklare betydningen af nøjagtig massebestemmelse, herunder
addukt og isotop mønstre.
- Anvende standard kromatografisk/spektroskopisk software til
dataanalyse.
- Sammenligne data fra mikrobielle ekstrakter med spektroskopisk
information i databaser.
- Gøre rede for de basale principper bag kvantitativ analyse af
naturstoffer (f.eks. mykotoksiner).
- Forklare principperne bag massespektrometri (f.eks. Orbitrap og
MALDI TOF) baseret analyse af intakte og modificerede
proteiner.
- Beskrive det grundlæggende workflow for omics-baserede
proteome, interactome, og post translationelle modifikationer
analyser.
- Gøre rede for de forskellige metoder til kvantitative
proteomanalyser, herunder med og uden brug af isotop mærkede
aminosyrer.
Kursusindhold
Industriel produktion af små organiske molekyler (herunder
naturstoffer) og proteiner ved hjælp af mikrobielle og mammale
cellefabrikker forventes at stige i de kommende år. Dette
inkluderer vigtige typer af produkter som antibiotika, anti-cancer
stoffer, små antimikrobielle proteiner og fødevare ingredienser som
aromastoffer, farvestoffer, antioxidanter og vitaminer. Andre
stoffer er giftige for mennesker og skal derfor undgås og
kontrolleres for i levnedsmidler. Endelig er der et stort behov for
en bedre forståelse for proteiners specifikke rolle på det
cellulære niveau, hvilket stiller krav til udvikling af nye
forbedrede proteomics analysemetoder. Dette kursus vil gennemgå de
vigtigste moderne metoder til at analysere både små molekyler og
større proteiner, især baseret på væskekromatografi koblet til
forskellige typer af moderne massespektrometre. Undervisning vil
være baseret på forelæsninger, opgaveløsning og gruppearbejde med
fremlæggelser.
Sidst opdateret
02. maj, 2024